Los núcleos interdisciplinarios son agrupamientos conformados por dos o más unidades académicas de la Universidad de la República (y eventualmente actores o instituciones externos a ella) que aporten enfoques y conocimientos diferentes desde prácticas disciplinarias diversas al abordaje de ciertas líneas de trabajo, en torno a las tres funciones de la Universidad (investigación, extensión y enseñanza).

El Programa Núcleos Interdisciplinarios del Espacio Interdisciplinario de la Universidad de la República realiza la convocatoria a Núcleos en años pares, y reciben simultáneamente proyectos de núcleos Nuevos (aquellos que, como tales, no cuentan con financiamiento del Espacio Interdisciplinario
al momento del llamado) y la posible Renovación de núcleos que fueron financiados por 30 meses (Primera fase) en el llamado inmediatamente anterior.